Bijna alle Affiliate programma's werken mbv cookies. Dit zijn kleine bestanden die op je computer opgeslagen worden en gelezen wordt als je een account opent bij een affiliate programma of een aankoop doet. Een bezoeker ziet hier niets van en is ook niet schadelijk voor de computer. Bijna alle grote computer organisaties maken gebruik van cookies. Zo plaatst Google een cookie op je computer om te weten waar je veel op zoekt en daardoor je sneller van zoekopdrachten te kunnen voorzien.

Aan deze manier zitten wel een paar risico's aan verbonden. Zo kan een bezoeker het gebruik van cookies tegenhouden door dit in te stellen. Of een bezoeker kan via jouw site op een affiliate programma komen. Jouw cookie wordt opgeslagen. Als hij niet meteen een account opent en de volgende keer eerst via een andere website op het programma komt en dan een account opent, dan wordt deze bezoeker niet onder jouw affiliate account geregistreerd.

Daarnaast heeft een cookie meestal een verloopdatum van 60,90 dagen of langer. Dan wordt deze automatisch van de computer verwijderd.